Sujet de stage

Evaluation de l’impact tissulaire de la greffe de cellules souches dans un contexte de myopathie de Duchenne par l’analyse d’image de coupes de muscles générées à partir du rayonnement Synchrotron

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L’UMR 703 PAnTher a identifié une nouvelle population de cellules souches adultes du muscle comme agent thérapeutique potentiel de la myopathie de Duchenne. Ce projet s’intéresse à l’analyse de coupes de muscles de chien myopathes (malades), de chiens sains et de chiens injectés avec les cellules souches avec pour objectif de mettre en évidence de nouveaux biomarqueurs de la pathologie et/ou du traitement. Les images ont été obtenues en fluorescence à partir du rayonnement Synchrotron Soleil. La fluorescence observée correspond à la fluorescence endogène des tissus. Il est attendu que la pathologie et/ou la thérapie cellulaire modifient le signal fluorescent générée par le tissu musculaire.

Contexte

Ce stage résulte d’une collaboration entre le département Image et Traitement de l’Information à IMT Atlantique (Brest) et ONIRIS UMR703 INRA/Oniris PAnTher (Nantes). Les images seront analysées sans a priori de par la nature inédite des données obtenues au synchrotron. Le stage proposé se concentre principalement sur les nombreux traitements à expérimenter et valider sur les images pour mettre en évidence des différences entre les muscles sains/pathologiques/traités, ce qui nécessitera le développement d’automatisation des tâches. L’analyse statistique de données permettra de statuer sur la pertinence du Synchrotron pour phénotyper le tissu musculaire dans un contexte de thérapie cellulaire de la myopathie de Duchenne.

Objectifs

  • Proposer des analyses mathématiques pour corréler les résultats issus des analyses d’image avec les données obtenues en pathophysiologie, protéomique et exploration fonctionnelle.
  • Exploiter ces nouvelles données pour renseigner sur la pertinence de l’approche « Synchrotron » pour le phénotypage des muscles de chiens myopathes/sains/traités avec pour objectif la validation des protocoles de thérapie cellulaire mis en œuvre sur le modèle animal canin de la myopathie de Duchenne.
  • Développer une application pour automatiser le traitement et l’analyse d’images de fluorescence générées par des tissus biologiques, afin de mettre en évidence des structures d’intérêt susceptibles d’être discriminantes entre les différents groupes malades/sains/traités.

Profil

Nous recherchons un(e) étudiant(e) en trosième année d’école d’ingénieurs ou Master 2, avec des bonnes compétences en traitement d’image, programmation MatLab, C/C++ et/ou Python, esprit d’analyse et d’autonomie. Une motivation pour la physiopathologie animale serait un plus.

Durée

Six mois, à effectuer entre le début mars et la fin novembre 2020.

Lieu

Campus de l’IMT Atlantique à Brest ; déplacements à l’Oniris à Nantes.

Rémunération

Gratification légale.

Les étudiant(e)s intéressé(e)s doivent envoyer un CV et une lettre de motivation à :

stage-iti-oniris@imt-atlantique.fr

Publié le 15.01.2020

par Gwenaël BRUNET