Les départements jouent un rôle structurant en matière d'enseignement et de recherche. Les enseignants-chercheurs qui constituent un département effectuent leur enseignement dans un des grands domaines et leur recherche dans les différents laboratoires et projets/programmes.
Sept départements sont situés sur le campus de Brest (Informatique, Image et traitement de l'information, Langues et culture internationale, Logique des usages, sciences sociales et sciences de l'information, Mathematical and Electrical Engineering, Micro-ondes, Optique), quatre sur le campus de Nantes (Automatique productique et informatique, Sciences sociales et de gestion, Systèmes énergétiques et environnement, Physiques subatomiques et technologies) et un sur le campus de Rennes (Systèmes réseaux, cybersécurité et droit du numérique).
