La recherche à IMT Atlantique est menée au meilleur niveau en fort partenariat avec les organismes nationaux de recherche (ONR) :
- avec le CNRS, IMT Atlantique est tutelle de laboratoires de type Unités Mixtes de recherche dans le domaine des sciences de l'ingénieur, la physique nucléaire et les sciences du numérique : LS2N, Lab-STICC, IRISA, GEPEA et Subatech
- avec INRIA, IMT Atlantique est tutelle de 4 Equipe Projet Inria (EPI) dans le domaines des sciences du numérique (architecture réseaux, IoT, cloud, cyber, méthodes formelles) : Ermine, EASE, GALLINETTE, STACK
- avec INSERM, IMT Atlantique est une tutelle du LATIM en combinant les sciences du numérique et les sciences de la santé