Depuis 2008, IMT Atlantique est habilitée à délivrer le diplôme de doctorat dans les 30 spécialités couvertes par l'accréditation de ses 2 écoles doctorales (ED) régionales
Avec l'école doctorale Ecole doctorale Matière, Molécules, Matériaux et Géosciences (3MG) :
- Chimie
- Chimie moléculaire et macromoléculaire
- Chimie physique, chimie théorique
- Chimie analytique et radiochimie
- Chimie inorganique
- Chimie : procédés et environnement
- Physique : atomes, molécules et plasma
- Physique théorique
- Physique subatomique et instrumentation nucléaire
- Physique : environnement et biologie
- Physique
- Sciences de la terre et de l'univers, espace
Avec l'école doctorale Sciences pour l'ingénieur et le numérique (SPIN)
- Mathématiques et leurs interactions
- Physique
- Sciences des matériaux
- Mécanique des solides, des matériaux, des structures et des surfaces
- Optique et photonique
- Ondes acoustiques, électromagnétismes et Matériaux
- Sciences pour l'ingénieur
- Énergie, thermique
- Génie des procédés et bioprocédés
- Mécanique des milieux fluides
- Génie industriel, productique, automatique et robotique
- Sciences et technologies de l'Information et de la Communication
- Électronique
- Informatique
- Télécommunication
- Signal, image et vision
- Sciences de la société
- Sciences de gestion
- Sciences économiques
- Droit
- Sociologie, démographie
- Interdisciplinarités
- Données, modèles, humains
- Couplage, systèmes et organisation
- Ingénierie et systèmes de communication durables-