IMT Atlantique offre un large éventail de recherches interdisciplinaires avec la dimension humaine, l'ingénierie, les technologies, les réseaux et systèmes industriels, l'informatique, la santé et la science physique.
Une des forces d'IMT Atlantique est donc de s'appuyer sur sa capacité d'aborder l'ingénierie par l'interdisciplinarité, et en particulier par le renforcement des associations entre monde physique et monde numérique, ou celui entre sciences sociales et avancées scientifiques et technologiques. Cette interdisciplinarité prend forme dans la structure même d'IMT Atlantique, au travers d'initiatives transverses (ISTI – Initiatives Scientifiques et Technologiques Intégrées) pour la recherche académique et industrielle, dans les domaines de la Cybersécurité, l'Intelligence Artificielle, l'Énergie, l'Industrie du Futur, l'Informatique distribuée et IoT ou encore l'Humain Augmenté et la Santé.
IMT Atlantique suit et mesure ses actions de recherche interdisciplinaire pour créer une évaluation de notre recherche.
| Indicateurs | 2019 | 2020 | 2021 | 2022 | 2023 |
| Nombre de projets Européens Interdisciplinaires | 5 | 8 | 10 | 18 | 27 |
| Chiffre d'affaire en recherche alloué à la recherche interdisciplinaire | 35 854 702 euros | 37 295 581 euros | 40 241 703 euros | 44 483 760 euros | 58 623 984 euros |
| % de fiches de poste fléché en recherche interdisciplinaire | 60% | 60% | 69% | 69% | 85% |
| Nombre d'ISTI (Initiative Scientifique Transverse Intégrée) lancée | 0 | 0 | 0 | 2 | 2 |
| % de plateformes pour de la recherche interdisciplinaire | 64% | 64% | 64% | 64% | 90% |
| % de LABCOM (Laboratoire Commun) permettant de faire de la recherche interdisciplinaire | 100% | 100% | 100% | 100% | 100% |
| % de chaires avec des recherches interdisciplinaires | 91% | 92% | 92% | 92% | 88% |
| % de Doctorants primo arrivants qui font de la recherche interdisciplinaire | 67% | 73% | 67% | ||
| % de Post Doctoral Felloship Marie Curie qui font de la recherche interdisciplinaire | 100% | 100% | 100% | 100% |
IMT Atlantique considère qu'il est important de promouvoir une atmosphère de confiance où les contributions sont valorisées et le consensus est encouragé. IMT Atlantique s'assure des qualités positives de leadership et de gestion de leur équipes de recherche interdisciplinaire, des récompenses personnelles, s'assure aussi que les ressources, l'infrastructure et la formation nécessaires sont disponibles, ainsi qu'un mélange de compétences et de personnalités parmi les membres de ses équipes pour avoir une combinaison de compétences appropriée et un climat d'équipe favorable.